Al reabrir en el 2004, el Museo nacional de Prehistoria también se ha dotado de una sala de exposición temporal de 120 m². Al año se presentan una o dos exposiciones temporales.
Exposiciones temporales Mémoire de Mammouth, 2018
Exposiciones temporales Animaux rares, gibiers inattendus - Reflets de la Biodiversité, 2019